楽天市場の受注取込をAPIに変更したら、受注伝票の備考欄に[配送日時指定：][備考欄：]が残り、確認待ちに止まってしまいます。

楽天の受注データをAPIで取り込むと、半角コロンが全角(：)に変換されます。このため、全角コロンで取り込まれた文字列を削除する設定を備考欄変換に追加してください。