全ての店舗で特定の商品の在庫連携を止めたいのですが、どうすればよいですか。

該当の商品を「非表示」にする、または店舗別管理にて在庫連携のチェックを外してください。

店舗別管理にて在庫連携対象外にする場合、モール・カート毎に設定が異なります。
詳細は下記マニュアルをご参照ください。