APIでの在庫連携とFTPでの在庫連携の違いは何ですか。

APIとFTPでは、通信方式が異なります。

FTP(File Transfer Protocol)を利用する場合、サーバーにファイルを送受信する形式で通信を行います。
API(Application Programming Interface)を理由する場合、アプリケーション同士で直接通信を行います。

在庫連携が行われる頻度は変わりませんが、FTPに比べ、APIの方が在庫連携の処理速度が早くなります。