特定の自動送信メールだけ、一定期間送信を止めることはできますか？

[自動送信メールテンプレート] にて自動送信対象のチェックを外すことで、送信停止が可能です。

店舗ごとに特定の自動送信メールを停止する操作方法は下記マニュアルをご参照ください。
なお、再度送信を再開しても、停止期間中の受注伝票に対してメールが送信されることはありません。