自動送信メールに、季節のあいさつや年末年始用の特定のメッセージを追加したいです。これは店舗ごとのテンプレート1つ1つに追加する以外に方法はないのでしょうか。

独自タグを使用することで、月ごとに異なるメッセージを反映させることやランダムのメッセージを反映させることが可能です。

作成したメールタグを自動僧院メールテンプレートに設定することで、月ごとに指定のメッセージをメールへ自動挿入することが可能です。
詳しい設定方法は下記マニュアルをご参照ください。