在庫連携履歴を確認すると、同じ時間で違う数の在庫数が連携しているようです。何か設定がおかしいのでしょうか。?

本システムで登録しているセット商品コードと、商品コード紐付け機能で設定しているモール側の商品コードで、同一のものを使用していないかご確認ください。同一のコードを使用している場合、正常に在庫連携できない場合がございます。

該当のセット商品マスタを削除のうえ、再度、異なるコードで作成してください。
または、商品コード紐付け機能のデータから該当の商品コードを削除してアップロードし直してください。