在庫区分けをしている商品のみを検索する方法はありますか？

代替案として、下記の運用をご検討ください。

在庫の区分けを行う際に商品分類タグを設定し、そのタグをもとに検索します。
操作方法は下記をご参照ください。

カスタムデータアプリにて区分け在庫が登録されている商品の商品コードを出力するパターンを作成することで、検索が可能となります。
下記マニュアル「1．出力項目を選択する」をご参照のうえ、パターンを作成してください。

■区分け在庫の出力パターン内容

1. 分類名　　：[区分け在庫]を選択
2. 項目の選択：[商品コード]を右側へ移す
3. [パターンを保存]をクリック

※設定後、対象パターンをダウンロードすると、区分在庫を登録した商品の一覧が確認できます。