送料無料ラインのリリースにより無料で取り込まれた発送代をネクストエンジン側で修正した場合、楽天側の送料も自動で修正されますか?

修正されません。楽天側は別途手動で修正する必要があります。

送料を修正する際、本システムの受注伝票から1クリックで楽天側の注文情報を開くことが可能です。
操作方法は下記マニュアルをご参照ください。