発送方法をヤマト運輸にしました。コレクトか発払いかを設定するにはどのようにすればいいでしょうか?

支払方法に応じて、自動で「発払い/コレクト」の切り替えを行うため、支払発送変換にて「発送方法:ヤマト(発払い)」をご選択ください。

受注情報内の支払い方法が「代金引換」であれば、自動的に伝票上の発送方法が「ヤマト(コレクト)」に切り替わります。
支払発送変換の操作方法は下記マニュアルをご参照ください。

参考マニュアル