入金状況が未入金、一部入金の受注伝票に対し、CSVファイルを使用して一括で入金済みに変更する方法はありますか?

「一括入金処理」よりCSVを使用した一括入金処理が可能です。

各モール・カート、決済代行サービスからの入金確認CSVファイルを利用することも可能です。
詳しい操作方法は下記マニュアルをご参照ください。

参考マニュアル