リードタイム連携機能を使いたいのですが、予約商品については「販売開始日」を設定したいです。リードタイム連携機能を使うと、リードタイムが優先されて反映されてしまうのでしょうか。

本システムにてリードタイムを設定していたとしても、Amazon側にて「販売開始日」等の設定をしていた場合、下記の通りの優先度で反映されます。

販売ページ表示優先順位：予約商品の「販売開始日」＞商品の「入荷予定日」＞
「販売開始日」＞「リードタイム（発送までの日数）」