配送番号の反映を行っても、発送連絡メールが自動送信されない受注伝票があります。何が原因でしょうか?

複数の理由が考えられます。下記をご確認ください。

発送連絡メールは、受注伝票が[出荷済み]に移動したタイミングで作成対象になります。
該当の受注伝票が[出荷済み]に移動していない場合は、出荷確定処理を行ってください。

出荷確定と配送番号反映を行っても発送連絡メールが送信されない場合は下記をご参照ください。