特定の商品が購入された際に、自動で配送方法を変更する機能はありますか。

自動で配送方法を変更することはできません。

特定の商品が購入された際に、[確認待ち]に止め、手動で配送方法を修正してください。
詳細は下記マニュアルをご参照ください。