Amazon側で商品の発送までの日数を変更しましたが、時間が経つと違う日数になっています。なぜでしょうか？

モール商品CSVファイル内の「発送までの日数」がAmazon側の設定と異なっているためです。

在庫連携時、モール商品CSVファイル内の「発送までの日数」がAmazon側の設定を上書きします。
「発送までの日数」を変更した場合、修正した最新のモール商品CSVをアップロードしなおしてください。