「オークション自動連携」アプリを使って出品すると、管理番号が自動的に採番されますが、商品コードとは異なるようです。管理番号と商品コードを同一にして出品することはできますか？

アプリを経由して出品すると、ヤフーオークション側が自動採番する仕組みのため、任意の値で登録することができかねます。
また、あとから管理番号を変更することもできかねます。