Shopifyとの在庫連携が全商品できていません。原因は何でしょうか？

Shopify側に複数のロケーションが登録されている可能性があります。(マルチロケーション)

Shopify用自動連携アプリでは、ロケーションごとの在庫数を管理することができません。
このため、ロケーションが複数登録されていた場合は在庫連携の対象外となります。

※Shopifyのロケーションを削除するためには、まず「無効化」する必要があります。