楽天市場側で設定する税区分に指定はありますか？

楽天側にて、すべての商品の税区分を「税込」「税抜」のどちらかに統一し、本システムの店舗設定にて楽天側と同じ税区分を選択してください。

税計算のしくみや設定方法の詳細は下記をご参照ください。