モールに反映(在庫連携)する在庫数は、商品管理の「在庫数」ですか？

モール・カート側には「フリー在庫数(＋予約フリー在庫数)」が反映されます。

在庫数の定義や動きの詳細は、下記マニュアルをご参照ください。