商品区分が受注発注の場合でも、在庫数を0で登録してしまうとモール側は在庫切れになってしまうのでしょうか。

商品区分を受注発注にした場合、商品マスタに登録してある在庫数に関わらず無限売りの状態となります。

もし、在庫数が0で登録されていた場合においても、モール側は在庫切れ状態にはなりません。