支払発送変換設定をしているにも関わらず、支払方法が「85:ポイント全額支払い」で取り込まれているのはなぜでしょうか。

該当の受注伝票の総合計が0円となっていることが原因です。

総合計が0円の場合、支払発送変換や規定値の処理の後に「85:ポイント全額支払い」を指定する仕様でございます。