受注一括登録の際、間違えて同一モールの異なる店舗の受注データを取り込んでしまうことがあります。これを回避するような機能はありませんか。

あらかじめ店舗ごとに取り込み時の受注データの名称を設定しておくことで、違う名称のファイルをアップロードしてしまった際に取り込めないよう防ぐことができます。
操作の詳細は下記該当マニュアルをご参照ください。