増税にあたり、本システム側の商品ごとの売価を変更する必要はありますか。

不要です。(※1,2)

受注伝票上の「売単価」は、モール・カート側の受注データ内の価格を取り込みます。
受注伝票上に手動で商品を追加する場合に、本システム商品管理の「売価」が反映されます。

(※1)頻繁に受注伝票を手動で作成する場合は、変更してください。
(※2)商品管理を利用して各モールに商品ページを掲載している場合は、変更してください。