楽天市場の全商品ディレクトリIDをYahoo!のプロダクトカテゴリに紐付けたいです。

楽天市場のデータより(β版)店舗別ページ一括登録で、商品管理を同時取り込みする際に、全商品ディレクトリIDの値がモール基本カテゴリIDに入るよう設定する必要があります。

(β版)カテゴリ変換設定で全商品ディレクトリIDとプロダクトカテゴリのカテゴリが紐付くように設定してください。
詳しい操作方法は、下記マニュアルをご参照ください。