Shopifyの注文が取り込まれないのですが、何が原因でしょうか？（受注伝票が作成されない)

自動連携アプリ非対応の販売チャネルやアプリ経由の注文、または取り込み対象となる条件を満たしていない注文の可能性があります。

Shopify用自動連携アプリは、一部の販売チャネルやアプリ経由の注文には非対応です。

また、対応機能の注文であっても一部条件の注文は取込対象外となります。
下記マニュアルにて、アプリの対応範囲やメイン機能に取り込めない注文の詳細をご確認ください。