楽天SKUプロジェクト移行後も商品コード紐付け機能は使えますか?

はい、使えます。

SKU移行後も引き続き商品コード紐付け機能をお使いいただけます。

また、楽天SKU移行後にネクストエンジンの商品コード紐づけ機能が
解除されるということはございませんのでご安心ください。