注文の金額修正が多いのですが、楽天ペイの注文はどう運用したら良いですか。

APIではなく、CSVでの受注取込をお勧めします。

RMSで金額を修正してから受注CSVを出力し、本システムに取り込むことで手間を減らすことができます。

受注APIを利用すると、金額修正の前に本システムがRMSでの自動注文確認と本システムへの受注取込を行うため、楽天側と本システム側の両方で金額修正が必要となります。

CSVの利用を推奨する運用パターン

下記のような店舗様は、楽天側にて受注処理に入る前に注文内容を確認することが推奨されています。
・注文後に配送方法や送料等を変更する機会が多い場合
・商材によって支払方法が限定されていて、確認が必要な場合(役務系商材)
この場合は、自動で注文確認を行うAPIではなく、受注CSVでの運用をご利用ください。