楽天SKUプロジェクト移行後、SKU管理番号もネクストエンジンの商品コードと合わせる必要がありますか？

SKU管理番号は商品コードとして見ていない項目であるため、
SKU管理番号をネクストエンジンの商品コードを一致させる必要はありません。

SKU移行後の商品コードルールの詳細は以下マニュアルをご確認下さい。