ヤフーオークションアプリで出品した商品に最低落札価格を設定することはできますか。

最低落札価格の設定には非対応です。

ヤフーオークションストア専用オークション自動連携アプリでは、出品ナビを経由せずに出品を行います。
このため、出品ナビのみで操作が可能な項目には非対応です。