Shopify自動連携アプリにて無限売り商品の在庫連携を行った場合、Shopify側はどのように更新されますか。

無限売り商品の場合、在庫連携時にShopify側の「在庫切れでも注文を受け付けられる」の設定を自動でONにします。

メイン機能の商品管理に「無限売り」として登録するには、商品区分「予約」かつ予約在庫に「99999」を登録する必要があります。
詳細は下記マニュアルをご参照ください。