受注が入ってから、在庫数はどのタイミングで減りますか？

受注が入りますと、引当処理が行われたのち 「引当数」分、「フリー在庫数」が減ります。
在庫連携は、「在庫数」ではなく「フリー在庫数」（実際に販売できる数）をモール側に反映いたします。
ネクストエンジンで出荷確定処理を行いますと「引当数」が0になり、「在庫数」が引当数分減ります。