楽天SKUプロジェクト移行後に何もしなくても在庫連携はそのまま行われますか?

いいえ、SKU移行後のモール商品CSVの取込、店舗設定の切り替えが必要です。

移行当日に必要な作業は、下記お知らせページ内{4.移行後に必要な作業}をご参照ください。

楽天市場「SKUプロジェクト」への移行前後の作業について