カスタムデータ作成アプリから、商品ごとの「消費税率(%)」の項目をダウンロードすることはできますか。

可能です。

カスタムデータ作成アプリの[作る]画面にて、下記項目をテンプレートに追加することが可能です。

・分類名:商品マスタ > 項目名:消費税率(%)
・分類名:受注明細 > 項目名:消費税率
・分類名:セット商品(基本) > 項目名:消費税率(%)
・分類名:テンプレート(共通)

※分類名:テンプレート(共通)では、下記の項目を選択可能です。
8%消費税(8%の税額合計)・8%金額合計
10消費税(8%の税額合計)・10金額合計