［設定 ＞ 商品 ＞（β版）カテゴリ変換設定］メニューにて、「このカテゴリは削除されています」との表記があるものがありますが、これはどんなときに表示されるのでしょうか。

モール・カート側で現在はすでに使用されてないカテゴリが設定されている場合に表示されます。
編集ボタンより最新のカテゴリを設定してください。