ヤフーオークションストア専用「オークション自動連携」メイン機能側でキャンセルされた受注伝票をキャンセルした場合、ヤフーオークション側も自動キャンセルされますか。

ヤフーオークション側のステータスと連携していないため、キャンセルされません。

別途ヤフーオークション側の管理画面にてキャンセル処理を行ってください。