モール側に設定されている商品ごとの消費税率は、本システムの受注伝票に反映されますか？

モール側の消費税率は、受注伝票上の「消費税率（%）」には反映されません。

受注伝票の「消費税率（%）」には下記の優先順位で値が反映されます。
1．商品情報の「消費税率(%)」を反映
　↓(上記が未登録の場合)
2．企業設定の「現在の税率」を反映