楽天市場側で「在庫数表示」の設定を変更したにもかかわらず、しばらくすると元の設定に戻ってしまいます。

最新のモール商品CSVファイルをアップロードしてください。

在庫連携のタイミングで、モール商品CSVファイルに含まれる「在庫数表示」項目が楽天側に送信されます。
そのため、楽天側の設定にかかわらず、ネクストエンジンにアップロードしたモール商品CSVファイル内の「在庫数表示」が楽天側に上書きされます。