Yahoo!ショッピングの受注について、取込時はオーソリOKだったのですが、その後、オーソリエラー(オーソリNG)になった場合はその情報は反映されないのですか。

反映されません。

Yahoo!ショッピングでは、注文後1ヶ月間、完了処理がされない場合には、システム側で自動的にオーソリ更新の処理を行います。
その場合、本システムへ自動的にオーソリ状態が反映されることはございませんのでご注意ください。