ポンパレモール側の受注ステータスを「処理済み」に動かし、配送番号を反映させることはできますか?

カスタムデータ作成アプリをご利用いただくことで可能です。

「テンプレート」フォルダの中の下記パターンをご利用ください。
・【共通】ポンパレモール注文変更用CSV(出荷報告用)