後払い決済の自動連携アプリを使っている場合でも、受注伝票の分割はできますか？

分割することは可能です。

親伝票は金額が変更されるため、アプリ経由で自動で再与信がかかります。
子伝票は新しい注文として自動で与信がかかります。
別々の注文としてみなされるため、請求書も別々に発行されます。

【対象アプリ】
・クロネコ代金後払いサービス自動連携
・アトディーネ自動連携
・ニッセン＠払い自動連携
・後払い.com自動連携